Perubahan IAIN menjadi Universitas Islam Negeri ( UIN ) Syarif Hidayatullah Jakarta pada 20 Mei 2002 merupakan momen penting bagi dunia pendidikan Islam di Indonesia, khususnya pendidikan tinggi Islam. Perubahan tersebut menjadi tanda keruntuhan dikotomi keilmuan antara keilmuan umum dan agama. Berbekal dengan semangat integrasi keilmuan, UIN diharapkan tetap mampu menjaga peran tradisionalnya, yaitu mencetak ulama yang mempunyai wawasan keilmuan, kemodernan dan keindonesiaan yang handal. Dalam upaya melakukan akselerasi terhadap integrasi keilmuan tersebut, UIN Jakarta mempersiapkan Ma’had sebagai lembaga pendidikan non-formal yang berupaya mencetak mahasiswa-mahasiswi yang unggul baik dari segi akhlak maupun segi akademik. Sehingga Ma’had menjadi bagian penting dalam mendukung ke arah terwujudnya visi dan misi UIN Jakarta secara keseluruhan.

Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta adalah lembaga yang bertujuan memberikan pendidikan non-formal dan pelayanan tempat tinggal serta sebagai salah satu wadah yang turut berusaha mencetak mahasiswa-mahasiswi yang berprestasi, berakhlak mulia, dan berkarakter, dalam rangka meningkatkan kualitas pendidikan yang mendukung terciptanya visi dan misi Ma’had Al Jamiah UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.

Keunggulan mahad UIN Syarif Hidayatullah Jakarta selain sebagai tempat tinggal dekat dengan lingkungan kampus, Mahad juga memiliki kurrikulum kajian berbasis kitab dan berdasarkan isu-isu kontemporer untuk membantu mahasiswa-mahasiswi mengembangkan pengetahuan dan keahliannya.

Ma’had al-Jami’ah telah melakukan penyatuan nama dari asrama menjadi Ma’had al-Jami`ah dan penamaan tiap Gedung mengambil dari nama-nama keturunan Sunan Gunung Jati atau Syarif Hidayatullah, dengan perubahan sebagai berikut:

Dengan bergabungnya seluruh asrama menjadi Mahad Al Jamiah, maka kegiatan pembinaan dilakukan secara intensif di semua gedung Ma’had di setiap malam hari.