Sejak pertengahan bulan Mei 2018, Ma'had Al-Jami'ah UIN Syarif Hidayatullah Jakarta membuka pendaftaran bagi mahasantri baru. Dimulai dari jalur undangan (SNMPTN), kemudian dilanjutkan berturut-turut dari jalur SPAN PTKIN, SBMPTN, UMPTKIN dan terakhir dari jalur Ujian Mandiri. Untuk persyaratan dan prosedur pendaftaran mahasantri, Ma'had Al-Jami'ah memprioritaskan para penghafal Al-Qur'an. Hal ini untuk menjaga suasana Ma'had yang kental dengan para pencinta Al-Qur'an. Mahasantri yang mendaftarkan diri harus sudah mempunyai NIM (Nomor Induk Mahasiswa) sebagai bukti bahwa dia sudah terdaftar di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Disarankan calon mahasantri melakukan survey lokasi, untuk meyakinkan dirinya bagaimanakah rupa tempat yang akan ditinggalinya setahun kedepan, supaya ada gambaran dan persiapan terkait apa yang harus dibawa untuk menunjang kehidupannya selama di Ma'had. Apabila calon mahasantri berminat, - dalam arti dia sudah memahami tata tertib, aturan dan kewajiban sebagai mahasantri Ma'had -, serta sudah yakin dengan tempat yang akan ditinggali berikut dengan fasilitas pendukungnya, maka akan dilakukan tes seleksi secara singkat, yang meliputi: kemampuan membaca dan menghafal Al-Qur'an, berbahasa asing (inggris/arab), dan wawancara singkat terkait komitmennya untuk menempati Ma’had. Disinilah peran Mudabbir/roh dibutuhkan, karena banyaknya calon mahasantri yang mendaftar maka dibutuhkan juga para petugas yang melakukan seleksi. Para mudabbir/roh dari seluruh mabna mendapatkan tugas piket secara  bergantian untuk memberikan penjelasan maupun melakukan pengetesan sesuai dengan jadwal yang telah disusun. Dalam hal ini, mereka (mudabbir/roh) juga mulai belajar untuk memahami karakter para mahasantri baru yang kelak akan menjadi mentee mereka di masing-masing mabna. Pengumuman terkait mahasantri yang lulus seleksi Ma'had, akan ditampikan dalam akun instagram Ma'had (@mahad_uin_jakarta) oleh para mudabbir. Selanjutnya, mahasantri yang dinyatakan lulus akan diminta mengisi formulir dengan kelengkapan berupa pas foto ukuran 3x4 dan materai Rp. 6.000,- masing-masing sebanyak satu lembar, dan melakukan pembayaran di Bank dengan nomor rekening tujuan yang telah ditentukan sebelumnya. Formulir yang telah terisi lengkap dan bukti pembayaran harus segera diserahkan ke kantor Ma'had. Ada ketentuan tambahan terkait hal ini: Apabila mahasantri tidak menyerahkan formulir dan bukti pembayaran dalam waktu 3 hari tanpa ada alasan yang jelas maka akan dianggap mengundurkan diri.  Pada akhirnya, mahasantri akan mendapatkan nomor kamar yang telah ditentukan oleh panitia pada saat hari-H (Hari pertama menempati Ma’had).