UIN Syarif Hidayatullah Jakarta merupakan lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam kelanjutan dari pendidikan Islam tingkat menengah ataupun pesantren. Dalam perjalanan sejarahnya, ADIA-IAIN-UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi jendela bagi santri untuk memasuki dunia modern, sebagai katalisator mobilitas sosial dan vertikal para santri dan pemuda Islam yang kebanyakan berasal dari desa di seluruh Indonesia. Hal ini terlihat dari kiprah alumninya yang tidak hanya berkecimpung di Kementerian Agama, namun juga mampu memainkan peran yang signifikan di berbagai institusi baik pemerintah maupun swasta.
Keberadaan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta telah menjadi sumber inspirasi bagi pengembangan Pendidikan Tinggi Agama Islam, rujukan bagi pengembangan studi Islam dan barometer bagi berbagai kalangan baik nasional maupun internasional dalam menjawab masalah isu-isu keislaman. Hal ini dapat dilihat dari pengakuan publik yang selalu menjadikan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta bersama dengan beberapa ormas islam dalam membicarakan isu-isu keislaman, keindonesiaan dan kemoderenan.
Selain itu, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta bersama Perguruan Tinggi Agama Islam lainnya juga menjadi instrumen pemerintah dalam menyapa umat Islam yang secara politik dan ekonomi termarjinalkan. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diharapkan mampu menjembatani, mengakomodasi dan memberikan alternatif solusi bagi terbukanya kesempatan politik dan ekonomi ummat. Dalam artian ini, UIN dan Perguruan Tinggi Agama Islam juga menjadi aset umat yang harus selalu berada dalam barisan pembela hak umat.
Transformasi IAIN menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah Jakarta pada 20 Mei 2002 merupakan momen sangat penting dalam perkembangan kelembagaan pendidikan tinggi di Indonesia, khususnya pendidikan tinggi Islam. Perubahan itu telah menjadi pintu masuk bagi runtuhnya dikotomi keilmuan, umum dan agama. Berbekal pada semangat integrasi keilmuan, UIN diharapkan tetap mampu menjaga peran tradisionalnya yaitu mampu mencetak ulama yang mempunyai wawasan keilmuan, kemodernan dan keindonesiaan yang handal.
Dalam upaya melakukan akselerasi terhadap integrasi keilmuan tersebut, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mempersiapkan Ma’had sebagai lembaga pendidikan non-formal. Berperan sebagai unit pelayanan bagi mahasiswa dalam mendukung ke arah terwujudnya visi dan misi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diresmikan oleh Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, pada 17 Juni 2011 di gedung baru Ma’had di Jalan Legoso Raya Pisangan Ciputat Tangerang Selatan, dihadiri oleh pejabat Rektorat para Pembantu Rektor, para Kepala Biro, para Dekan Fakultas, para Pembantu Dekan Fakultas UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, para sesepuh IAIN-UIN pejabat pemerintah setempat dan tokoh masyarakat setempat.
Untuk pertamakalinya Rektor menetapkan Prof. Dr. Rif’at Syauqi Nawawi, MA sebagai Kyai Ma’had dan H. Utob Tobroni, Lc., MCL sebagai Wakil Kyai Ma’had tahun 2011 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor: Un.01/R/268/2011 tertanggal 28 April 2011. Kyai dan Wakil Kyai dikukuhkan pada saat peresmian Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pada tahun 2012, terjadi perubahan jabatan Kyai Ma’had dengan Surat Keputusan Rektor Nomor: Un.01/R/HK.00.5/21/2012 tertanggal 3 Januari 2012. Menjabat sebagai Kyai Ma’had adalah Prof. Dr. H.D. Hidayat, MA dan H. Utob Tobroni, Lc., MCL sebagai Wakil Kyai Ma’had.
Pada tahun pertamanya, Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menerima 210 orang mahasantri, yang terdiri dari 114 orang putera dan 96 orang puteri. Mayoritas mahasantri ini adalah mahasiswa kurang mampu dan berprestasi yang memperoleh beasiswa dari BUMN sebanyak 53 orang dan dari beasiswa Bidik Misi Kementerian Pendidikan Nasional sebanyak 150 orang, mahasiswa reguler 3 orang dan 4 orang mahasiswa asing. Para mahasantri tersebut tersebar dalam berbagai fakultas yaitu: FITK sebanyak 51 orang, FSH sebanyak 31 orang, FUF sebanyak 30 orang, FDI sebanyak 24 orang, FAH sebanyak 26 orang, FIDKOM sebanyak 6 orang, FISIP sebanyak 4 orang, F.Psiko sebanyak 10 orang, FST sebanyak 12 orang, FKIK sebanyak 2 orang, FEB sebanyak 10 orang dan 4 orang mahasiswa asing yang berasal dari Russia. Mahasantri putra ditempatkan pembinaannya di Ma’had Putera Jalan Legoso Raya dan mahasantri putri ditempatkan di Asrama Putri Komplek Dosen UIN.
Mahasantri Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, mendapatkan pembinaan secara intensif dari Kyai, Wakil Kyai, para Dosen Pembina, para Musyrif, Dewan Pembina Asrama (DPA) dalam pembinaan kepribadian, pengembangan skill Bahasa Arab, Bahasa Inggris, ilmu Al-Qur’an, Fiqih Ibadah, pengembangan wawasan keislaman dan pengembangan skill kepemimpinan.
Mulai tahun 2015, Ma’had UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mengalami perubahan yang cukup signifikan. Hal ini ditandai dengan adanya status Ma’had yang berubah dari Ma’had Aly menjadi UPT (Unit Pelaksana Teknis) Ma’had Al-Jami’ah, dengan Dr. KH. Akhmad Sodiq, MA menjabat sebagai Kepala Pusat UPT Ma’had Al-Jami’ah atau Kyai Ma’had. Pada tahun berikutnya, tahun 2016, Kepala Pusat mulai mengambil kebijakan dengan memberlakukan pembinaan di seluruh gedung (Mabna) di bawah naungan UPT Ma’had Al-Jami’ah. Karena berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI No. 6 Tahun 2013 tentang Ortaker UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Ma’had Al-Jami’ah merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang membawahi beberapa asrama. Saat itu masih terdapat dualisme istilah yaitu Asrama dan Ma’had. Maka dalam rencana pengembangannya dilakukan penyatuan istilah tersebut menjadi Ma’had al-Jami`ah. Adapun penamaan tiap gedung, terdapat perubahan sebagai berikut:
- Ma’had Putra berubah menjadi : Mabna Syekh Nawawi
- ASPI berubah menjadi : Mabna Syarifah Muda’im
- ASPA berubah menjadi : Mabna Syekh Abdul Karim
- ASPA FKIK berubah menjadi : Mabna Sultan Hasanuddin
- ASPI FKIK berubah menjadi : Mabna Syarifah Khadijah
Kebijakan tersebut diambil setelah melaksanakan diskusi dan musyawarah dalam wadah RDK (Rapat Dalam Kantor) untuk membahas hal tersebut di atas dengan melibatkan Kabiro AAKK dan Kabiro PK, serta beberapa perwakilan dari pesantren di sekitar Ma’had Al- Jami’ah. Akhirnya, pada momen Studium General tanggal 27 Oktober 2017, Prof. Dr. Dede Rosyada, MA selaku Rektor melakukan launching perubahan nama tersebut.